El Distrito de Ilabaya cuenta con varias cuencas Hidrograficas en su territorio, que alimentan los valles de Ilabaya, Mirave, Locumba, y el distrito de Ite.

Las cuencas de Ilabaya que mas destacan son la Cuenca del Rio Salado que viene desde la Laguna de Aricota, pasando por los pueblos de Chintari, Poquera, Chulibaya, y Ticapampa, para luego unirse al rio Ilabaya y formar el Rio Locumba.

El rio Ilabaya, tiene sus origenes en las pampas de Turún Turún "En sus inicios esta dividido en dos ramales: el río Camilaca y el río Borogueña. El rio Camilaca riega las áreas agricolas de Cambaya y Ancocala; El río Borogueña, de escaso caudal y corto recorrido, riega las áreas agrícolas de Coraguaya, Vilalaca y Borogueña. Ambos ríos se unen en el lugar denominado Pacaparque, distante 3 Km. de Cambaya y 5 Km. de Borogueña.

El río Ilabaya desciende por una zona altamente accidentada, semejante a un cañón denominado Angostura; sin cultivos, de 3 Km. de largo, a su paso riega las Comunidades de Toco, Chululuni y Chejaya, aquí se une con el Río Huanuara; su caudal aumenta y recorre las áreas del Colpar, Solabaya, Ilabaya, el Alto, el Cocal, Pachana, La Haciendita, el Cayro, en esta parte se une con el río Salado llamado también río Curibaya", Luego descienden por el valle de Locumba hasta el litoral pasando por Ite. (Julio Paucar Moreano)

La cuenca más benéfica y destructiva al mismo tiempo, es la cuenca del río Colocaya que nace en el lugar denominado KULTANI, su pequeño caudal de agua dulce, riega el valle de Carumbraya, principal productor de frutas del distrito de Ilabaya, en su recorrido por el Valle de Carumbraya lleva el nombre de río Carumbraya y a partir del Último fundo de este valle lleva el nombre de río COLOCAYA, hasta su unión con el río Ilabaya, En los meses de lluvias este río sube su caudal y en más de una vez ha sembrado destrucción y muertes.